Trong bản gốc bút tích Ngục trung nhật ký, tác giả không đánh số thứ tự và không đặt tên bài cho bốn câu "đề từ" (Thân thể ở trong lao /Tinh thần ở ngoài lao /Muốn nên sự nghiệp lớn /Tinh thần càng phải cao - Nam Trân dịch). Hồ Chí Minh chỉ đánh số thứ tự bắt đầu từ bài số 1 là bài Khai quyển (Mở đầu tập nhật ký) cho đến bài cuối cùng số 133 là bài Kết luận (nằm tại trang 53 của tập thơ). Tổng cộng 133 bài.

Một số cuốn sách có tác dụng tra cứu quan trọng thì lại có sơ xuất như cuốn: "Suy nghĩ mới về Nhật ký trong tù" NXB Giáo dục; Tuyển tập văn học, tập 3, NXB Văn học 1995; Hồ Chí Minh toàn tập, tập 3, NXB Chính trị Quốc gia năm 2000… đều đánh số thứ tự các bài thơ không như tác giả, mà đánh số thứ tự tính từ ngoài bìa, vì vậy bài Khai quyển trở thành bài số 2. Các bài khác do vậy cứ đẩy lên một số, dẫn đến có cuốn có 134 bài.[1]